Proses seleksi PMB KPI UIN Walisongo dapat ditempuh melalui beberapa pilihan jalur PMB yaitu: SPAN-PTKIN, UM-PTKIN, Mandiri, Mandiri Prestasi, dan Internasional.

• Seleksi Prestasi Akademik Nasional Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (SPAN-PTKIN) merupakan pola seleksi yang dilaksanakan secara nasional oleh seluruh perguruan tinggi dalam satu sistem yang terpadu dan diselenggarakan secara serentak oleh Panitia Pelaksana yang ditetapkan oleh Menteri Agama Republik Indonesia. Biaya pelaksanaan SPAN-PTKIN ditanggung oleh pemerintah, sehingga peserta tidak dipungut biaya pendaftaran. Pelaksanaan SPAN-PTKIN secara nasional yang diikuti oleh 59 Perguruan Tinggi harus memenuhi prinsip adil, transparan, dan tidak diskriminatif dengan tetap memperhatikan potensi calon mahasiswa dan kekhususan PTKIN.
• Ujian Masuk Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (UM-PTKIN) diselenggarakan dalam satu sistem yang terpadu secara serentak oleh Panitia Pelaksana yang ditetapkan oleh Menteri Agama Republik Indonesia. Pelaksanaan UM-PTKIN secara nasional harus memenuhi prinsip adil, transparan, dan tidak diskriminatif dengan tetap memperhatikan kekhususan dan kekhasan PTKIN/PTN. 
• Seleksi Jalur Mandiri adalah sistem penerimaan mahasiswa baru di UIN Walisongo Semarang secara mandiri. Seleksi mandiri dilakukan setelah pengumuman hasil jalur SNBP dan SNBT. Dalam proses seleksi mandiri, berdasarkan tes tertulis tanpa melihat tahun kelulusan dan usia calon mahasiswa.
• Seleksi Jalur Mandiri Prestasi dilaksanakan dengan melakukan penelusuran nilai raport, serta penelusuran prestasi kejuaraan bidang agama, sains, olah raga, dan seni minimal tingkat provinsi dengan kategori Juara 1, Juara 2, Juara 3 atau calon mahasiswa yang memiliki kemampuan luar biasa lainnya seperti hafal al-Qur’an 30 juz, mampu baca kitab kuning dengan sangat baik, melakukan penemuan teknologi tepat guna, dll.
• International Admission is the process for non-Indonesian Citizen/non-Indonesia Permanent Resident students to seek admission into mainstream regular or international programs in UIN Walisongo Semarang. Admission of international students into mainstream educational programs of UIN Walisongo is subject to availability of the program vacancies, the student meeting the faculty’s admission criteria and the student’s successful application of a Student’s Pass (STP) from the Immigration